تفلیس به دلیل موقعیت استراتژیک خود در مسیرهای تجاری اصلی، به سرعت شروع به رشد و شکوفایی کرد، اما ثروت رو به رشد آن توجه خارج از کشور را به خود جلب کرد.از اواخر قرن ششم تا پایان قرن یازدهم، شهر توسط مهاجمان خارجی فتح و غارت شد: ایرانی‌ها، بیزانسی‌ها، عرب‌ها، خزرها و ترک‌های سلجوقی همگی برای این پایتخت می‌جنگیدند. سرانجام، در سال 1122، گرجی ها به رهبری پادشاه دیوید گرد هم آمدند و تفلیس را پس گرفتند و عصر طلایی جدیدی را شعله‌ور ساختند.

تفلیس به عنوان شهری بزرگ حتی فراتر از قفقاز شهرت یافت. این دوران طلایی در قرن سیزدهم با آمدن مغول ها به طور ناگهانی به پایان رسید و تفلیس ابتدا توسط خوارزمیان و سپس توسط خود مغول ها به صورت متوالی فتح و غارت شد. شهر ویران شده بود. در حالی که گرجستان در تمام این مدت اسماً مستقل باقی ماند و پادشاهان گرجستان بی‌وقفه برای محافظت از پادشاهی خود جنگیدند، به تدریج آشکار شد که گرجستان به سادگی نمی‌تواند به تنهایی و به اندازه کافی از خود در برابر مهاجمان دفاع کند.

بر اساس معاهده 1783 گئورگیفسک، روسیه قول داد از خودمختاری گرجستان محافظت کند. تفلیس در حالی که دیگر پایتخت مستقلی نبود، شهری بسیار مهم باقی ماند و به مرکز اصلی اقتصادی، فرهنگی و اداری قفقاز روسیه تبدیل شد. جاده‌ها و راه‌آهن‌های جدیدی ساخته شد که تفلیس را به باقی امپراتوری روسیه متصل می‌کرد و شهر شروع به کسب فرهنگ و معماری جدید و اروپایی‌تر کرد.

در دوره شوروی، تفلیس به رشد خود ادامه داد اما سقوط اتحاد جماهیر شوروی بار دیگر شهر را در یک دوره آشفتگی فرو برد، زیرا جنگ داخلی گرجستان شروع شد. کیفیت زندگی برای اکثر شهروندان به دلیل بیکاری کاهش یافت و بسیاری از زیرساخت های شهر از بین رفت. به هر حال تفلیس امروزی حاصل فراز و فرودهای بسیار این شهر در طول تاریخ است.